Der gælder forskellige afregningsregler for elektricitet produceret af vindmøller afhængig af vindmøllens alder, installerede effekt og den aktuelle markedspris.
Oprindelsesgarantier
Med oprindelsesgarantier er det muligt for producenter af elektricitet fra vedvarende energikilder at dokumentere, at den elektricitet, de sælger, er elektricitet fra vedvarende energikilder i henhold til VE-direktivet og bekendtgørelse om oprindelsesgaranti for VE-elektricitet.
PSO-støtte
Energinet.dk er ansvarlig for at udregne og udbetale PSO-støtten til el produceret på vindmøller. Støtten udbetales direkte til den enkelte vindmølleejer. Faktisk vindmølleafregning viser gennemsnitlige afregningspriser for vindmøller, som er over 10 år gamle (alderen udregnes fra nettilslutningstidspunktet) i forskellige afregningskategorier. Afregningen af elværksfinansierede vindmøller er ikke vist.
Skrotningsbeviser
I henhold til vindmøllebekendtgørelsen kan vindmølleejere opnå skrotningsbeviser for nedtagne vindmøller, såfremt en række krav er opfyldt. Energinet.dk varetager administrationen af skrotningsbeviser samt fastlægger de praktiske formalia, herunder blanketter til anmodninger om forhåndstilsagn og udstedelse af skrotningsbeviser.
Balanceansvar
Ved skift af balanceansvar for vindmøller og ved anmeldelse af nye vindmøller i det danske elsystem, skal formularen Anmodning om skift af balanceansvar udfyldes og indsendes til Energinet.dk.
Planlægning og opstilling af vindmøller (VE-loven)
Når der planlægges og opstilles nye vindmøller, kan naboerne til de nye vindmøller, opstillere af vindmøllerne og de kommuner, som vindmøllerne opstilles i, have en række muligheder og forpligtelser ifølge VE-loven (Lov om fremme af vedvarende energi).
Nettilslutning af elproducerende anlæg
Derudover har netvirksomheder, leverandører, rådgivere og ejere af nye elproducerende værker og anlæg (herunder også vindmøller) mulighed for at få vejledning om, hvordan disse anlæg tilsluttes nettet herunder spørgsmål relateret til Energinet.dks markedsforskrifter og tekniske forskrifter.